1999 m. Universitete pagal LST EN ISO 9001: 1995 standarto reikalavimus, taip pat LST ISO 10013: 1997 LST EN ISO 8402 : 1995 standartų, Safety Guide Q8: Quality assurance in research and development (IAEA, 1998) ir SWEDAC DOC 92:5 rekomendacijas pradėta kurti mokslinių ir technologinių tyrimų kokybės sistema. 2000 03 24 Universitetas tapo pirmąja Lietuvos mokslo ir studijų institucija, gavusia institucinę Valstybinės atominės energetikos saugos inspekcijos licenciją moksliniams, technologiniams tyrimams ir saugos įvertinimams branduolinės energetikos srityje. Šiuo metu mokslinių ir technologinių tyrimų kokybės užtikrinimo sistema pertvarkoma pagal ISO 9001: 2000 standartą.

Mokslinių ir technologinių tyrimų kokybės sistema parengta taip, kad būtų galima pasiekti bendrus Universiteto tikslus, išlaikant aukštą atliekamų darbų mokslinį-techninį lygį visais galimais aspektais. Kiekvienam darbus vykdančiam padalinių organizaciniam lygiui, pradedant Universiteto vadovybe ir baigiant laboratorija, šioje programoje skiriamas svarbus vaidmuo ir atsakomybė, kuri pasiekia aukščiausią laipsnį individualaus darbuotojo lygmenyje. Kokybės siekiama plataus spektro priemonėmis, pradedant pavienių darbuotojų darbo procesų tobulinimu ir baigiant vykdomų tyrimo projektų peržiūra, kurią atlieka žymūs nepriklausomi mokslininkai.

Mokslinio tyrimo institucijoje ypač svarbi kokybės vadybos principų ir mokslinių autoritetų tradiciškai griežtos kontrolės efektyvi integracija. Įvertinant Universiteto vykdomų mokslinio tyrimo projektų įvairovę, nustatyta optimali mokslinių ir technologinių tyrimų kokybės užtikrinimo sistemos struktūra. Jos pagrindas – bendroji „Universiteto lygio” kokybės užtikrinimo sistemos dalis. Ji apibūdina KTU vadovybės kokybės politiką ir jos įgyvendinimo esminius principus, metodus ir bendrąsias procedūras. Tuo pat metu kiekvienas savarankiškas mokslinio tyrimo darbus vykdantis padalinys yra įpareigotas sukurti specifinę lokalinę savo vykdomų procesų kokybės užtikrinimo procedūrą, kuri atitinka to padalinio ypatumus, unikalius poreikius ir Universiteto vadovybės nustatytus kokybės reikalavimus. Tokias procedūras parengė septynios mokslo grupės:

• Šilumos ir atomo energetikos katedros dvifazių srautų termohidromechaninių procesų tyrimo mokslo grupė;
• Inžinerinės mechanikos katedros konstrukcijų modeliavimo mokslo grupė;
• Mašinų projektavimo katedros mechaninių sistemų patikimumo tyrimo mokslo grupė;
• Deformuojamų kūnų mechanikos katedros medžiagų ir konstrukcijų stiprumo bei ilgaamžiškumo prognozavimo mokslo grupė;
• Prof. K. Baršausko ultragarso mokslo instituto ultragarsinės matavimo technikos ir neardomosios kontrolės mokslo grupė;
• Elektros sistemų katedros elektros energetikos sistemų režimų valdymo ir problemų tyrimo mokslo grupė;
• Organinės technologijos katedros polimerų modifikavimo ir tyrimo mokslo grupė.

Mokslinių ir technologinių tyrimų kokybės užtikrinimo procedūros taip pat parengtos procesų aprūpinimo infrastruktūrą sudarančiuose ir jos funkcionavimą užtikrinančiuose Universiteto padaliniuose. Parengtos tokios procedūros:

• dokumentų ir duomenų valdymas,
• pirkimas,
• vadovybės analizės valdymas,
• kokybės vidaus auditas,
• koregavimo ir prevenciniai veiksmai,
• kvalifikacijos tobulinimas,
• produkto identifikavimas ir atsekamumas,
• sutarties sudarymo proceso valdymas,
• kontrolės, matavimo ir bandymų įrenginių priežiūros valdymas,
• galutinės produkto kontrolės valdymas,
• programinės įrangos kokybės valdymas ir kt.

Universiteto vykdomų mokslinių ir technologinių tyrimų kokybės užtikrinimo sistema yra atvira: numatoma, jog palaipsniui ji apims visus Universiteto mokslo padalinius, kuriuose bus sukurtos ir įdiegtos bendrosios ir procesinės tyrimų kokybės užtikrinimo procedūros.